- تضم هيئة الدواء المصرية وفق الهيكل الوظيفي المعتمد من الجهاز المركزي للتنظيم والإدارة بالقرار رقم 217 لسنة 2020، كل من الإدارات المركزية التالية:
- الإدارة المركزية لمكتب رئيس الهيئة
- الإدارة المركزية للسياسات الدوائية ودعم الأسواق
- الإدارة المركزية للمستحضرات الحيوية والمبتكرة والدراسات الإكلينيكية
- الإدارة المركزية للمستحضرات الصيدلية
- الإدارة المركزية للمستلزمات الطبية
- الإدارة المركزية للرعاية الصيدلية
- الإدارة المركزية للعمليات
- الإدارة المركزية للرقابة الدوائية
- الإدارة المركزية للأمانة العامة
- خدمات أخرى: